การเกิดปฏิกิริยาการแพ้อาหารเกิดจากกลไกของระบบภูมิคุ้มกันในร่างกายสามารถแสดงอาการที่ผิดปกติเกี่ยวกับได้หลายวิธี กลไกการแพ้อาหารที่นิยมพบทั่วไป มี 2 ประเภทคือ:

​

ชนิดที่ 1 IgE - Mediated Reaction

IgE หรืออิมมูโนโกลบูลินอี เมื่อร่างกายได้รับสารภูมิแพ้ร่างกายจะสร้างภูมิคุ้มกันชนิด IgE ขึ้นเพื่อกำจัดสิ่งแปลกปลอม IgE จะจับกับโปรตีนของสารภูมแพ้และเกาะกับผิวของเซลล์เม็ดเลือดขาวที่เรียกว่า Mast cell หลังจากนั้นจะเกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ตามมาทำให้เกิดการหลังของสารเคมีอีกหลายชนิด สารต่างๆเหล่านี้จะทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมแพ้เฉียบพลัน ซึ่งมีอาการดังต่อไปนี้ ผื่น ลมพิษ คัน จามและช็อก อาหารที่แพ้มักจะชัดเจนและจะต้องหลีกเลี่ยงตลอดชีวิต ตัวอย่างเช่นการแพ้ถั่วลิสง

 

ชนิดที่ 3 IgG - Mediated Reaction

IgG หรืออิมมูโนโกลบูลินจีพบได้ในนมน้ำเหลือง จัดเป็นแอนติบอดีที่ร่างกายสร้างขั้นมาเป็นตัวแรก โดยการสร้างเป็นไปอย่างช้าๆในร่างกาย และทำให้เกิดการอักเสบเรื้อรังซึ่งทำให้ยากที่จะระบุอาหารที่แพ้ อาการที่เกิดขึ้นอาจรวมถึง ท้องอืด ลำไส้แปรปรวน และอาการคัน แม้แต่อาการวิตกกังวล ซึมเศร้า ปวดศีรษะไมเกรนอ่อนเพลีย ความดันโลหิตสูง ปวดข้อ โรคข้ออักเสบ ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อ และปัญหาน้ำหนักเพิ่ม อาจเกิดจากการแพ้อาหาร แต่โชคดีที่อาการแพ้ชนิดน้สามารถรักษาให้หายได้